山东瑞安以研究所为中心，下设风湿病免疫等疾病研发中心、课题组6个、主攻风湿病新的治疗方法与新药研发。已发表科研与临床结合的相关论文100多篇。
风湿病药物研究组。主要以寻找和防治疾病及防止降低药物毒副作用的研究开发，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学现代理论和高新技术开展多学科综合性研究。
风湿病病友会。成立于2003年，目前该病友会的会员已达3000多人，组织会内社会活动20多起。
本所由正副级研究员21人，博导6人，研究生导师5人。研究所与治疗中心实行院校合一的管理体制，山东瑞安风湿病研究所为治疗中心提供雄厚的师资和技术力量，风湿病治疗中心为山东瑞安提供临床实践基础，相互依托，优势互补，教研相长。
院校科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。拥有2个国家级重点实验室。
药物研究组以寻找和研究防治疾病及防止降低药物毒副作用的研究开发。坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学理论和高新技术开展多学科综合性研究。新药研究的主要方向为抗风湿类新药、防治心脑血管病药物、作用于神经精神类疾病的药物和抗老年退行性疾病药物、抗肝炎药物、抗炎免疫类药物、抗糖尿病药物等。
